Die Verwaltung der Kolonie übernahm am 17.5.1885 per „Schutzbrief“ die Neuguinea Kompanie (NGK), die ihren Dienst in der Südsee im Oktober 1885 am Hauptsitz in Finschhafen antrat. Erster Landeshauptmann der Kompanie war Georg Freiherr von Schleinitz, der der Mission positiv gegenüberstand. Nachdem Anfang 1891 in Finschhafen aus unerfindlichen Gründen 13 Deutsche und der Arzt der NGK verstarben, verließen die NGK und die übrigen Europäer Finschhafen und siedelten sich weiter nördlich an der Astrolabebay im Ort Bogadjim (= Stephansort) an. Noch etwas weiter nördlich entstand mit Friedrich-Wilhelmshafen (später Madang) ein weiterer Stützpunkt der NGK, der 1897 zum Hauptsitz wurde. Auf der Gazelle Halbinsel (Neupommern) im Bismarckarchipel wurde an der Blanchebucht zunächst der Ort Herbertshöhe aufgebaut. Um den Ankerplatz Simpsonhafen entstand ab 1910 Rabaul als neue Hauptstadt der Kolonie (vgl. Hiery 2017, S. 100). Da die NGK vor allem wirtschaftliche Interessen im Sinn hatte, kümmerte sie sich wenig um die Belange der einheimischen Bevölkerung oder um den Ausbau weiterer Infrastruktur, sofern sie nicht zu ihrem eigenen Nutzen war. Nach einem desaströsen Einbruch des Tabakgeschäfts suchte die NGK nach Wegen, die Hoheitsrechte und die damit verbunden Verpflichtungen an die Regierung zurückzugeben. Mit einer Ablöse von vier Millionen Mark und der Zuschreibung von 150.000ha Land als Firmenprivatbesitz widerrief die deutsche Regierung zum 1.4.1899 die an die NGK ausgestellten Schutzbriefe und übernahm die Regierungsgeschäfte in der Kolonie (vgl. Hiery 2017, S.96-98,101). Erster Gouverneur der Kolonie wurde am 1.4.1899 Rudolf von Bennigsen, der 1902 von Albert Hahl abgelöst wurde.