Der Ausbruch des Ersten Weltkriegs brachte für die Neuendettelsauer Mission einen Einschnitt und Ungewissheit über ihren weiteren Verbleib in Neuguinea. Nach Leistung des Neutralitätseids konnte sie zwar weiterarbeiten, musste sich jedoch mit der neuen Kolonialmacht Australien arrangieren (vgl. Pilhofer 1963, S.19-20). 1926 übernahm die United Evangelical Lutheran Church of Australia die Treuhänderschaft für die Missionsarbeit in Neuguinea. Nach Ausbruch des Zweiten Weltkriegs wurden die meisten Neuendettelsauer Missionare verhaftet und nach Australien deportiert. Verschiedenste Verwicklungen mit dem Nationalsozialismus führten dazu, dass sie erst nach Kriegsende nach Deutschland oder nach Neuguinea zurückkehren durften. Trotz Abwesenheit der Mission fanden die Neuendettelsauer bei ihrer Rückkehr Gemeinden vor, die geistliche intakt geblieben waren (vgl. Vorländer S.154-159). 1956 gründete sich die Evangelical Lutheran Church of Neuguinea mit einer eigenen Kirchenordnung. Sie wurde 1976 selbständig, drei Jahre nachdem sich Papua-Neuguinea von der australisch-englischen Treuhänderschaft befreit hatte. 1976 wurden damit auch alle Betriebe wie Pflanzungen, Flugwesen und Werkstätten an die ELC-PNG zum Eigentum übergeben (vgl. Farnbacher/Weber 2004, S.79).